清代中央“六部”中的工部（别称水部），掌管国家各项工程、工匠、屯田、水利、交通等事务。工部下设的都水司，专掌河防海塘，道路桥梁，舟楫之事务；都水司常派员赴各地治河，被称之为“都水分司”或“工部分司”。同时，中央另设置专职的治河官员和机构——“河道总督”。
“河道总督”是我国清代始设的掌管黄河、运河、永定河等河，堤防疏浚事务的专职官员。顺治元年（1644年），设总督一人，又称“总河”，官阶与掌管行省的总督相同，为正二品，加尚书或都御史衔者为从一品（清代六部尚书和都察院左、右都御史秩从一品，明代为正二品；元代六部尚书为正三品）。
顺治元年七月，杨方兴首任总河，驻济宁州。康熙十六年（1677年）靳辅出任总河，以江南河工紧要，总河署距黄、淮、运河交汇处甚远，往返不便，移驻清江浦；二十七年（1688年）王新命接靳辅任总河，还驻济宁州；三十一年（1692年）靳辅再任总河，又反驻清江浦。雍正二年（1724年），因河南堤工紧要，设副总河一人（稽曾筠任），管理河南河务，驻济宁州或河南武陟。至雍正七年（1729年）河道分段管理，改总河为江南河道总督，改副总河为山东河南河道总督 (稽曾筠为首任)；八年（1730年），以直隶河工紧要，增设河道水利总督（亦称直隶河道总督）一人。至此，河道为三督，官阶仍为正二品，兼兵部侍部（正二品）、右副都御史（正三品）衔。
“总河”自顺治元年至雍正七年，历时85年，期间驻济宁州37年，驻清江浦48年。据《清史稿·疆臣年表》载：有总河总督21任，17人，其中8任为代署（驻济宁11任，9人，代署4任；驻清江浦10任，8人，代署4任）。《山东运河备览》载：有总河总督20任，16人。
江南河道总督，简称南河，驻清江浦。至咸丰十年（1860年）南河总督裁撤，河务改由漕运总督兼管，历时131年，期间有总督43任，35人，其中代署12任。
直隶河道（水利）总督，简称北河，驻天津。至乾隆十二年（1747年）河道事务归直隶总督兼管，历时17年，期间有总督10任，7人，其中代署2任。
山东河南河道总督，简称东河，驻济宁州。至光绪二十八年（1902年）裁撤，历时173年。《清史稿·疆臣年表》载：期间有东河总督91任，76人，其中29任为代署；《山东运河备览》则载为82任，75人。
河道总督之下分管河务的职官为管河道，官阶正四品，与地方守、巡道同品级。总河时，山东河道先后设：济宁道（顺治元年设，驻济宁管南河，康熙六年裁，九年复设，十五年兼分巡）、兖东道（顺治元年设，驻张秋管北河，康熙五年裁）、东兖巡道（顺治三年设，康熙五十七年并入兖宁道）、兖宁道（康熙五十七年由济宁道、东兖巡道合并而成）。雍正七年河道分段管理后，初三督共设道员十一人（北河5人，南河2人，东河4人），其中四人为专任，其余由地方巡道兼任。东河四道包括河南二道和山东二道。山东运河道驻济宁州，为专任，乾隆元年（1736年）加兵备衔，故又称通省运河兵备道。至光绪年间，仅有直隶永定河道为专任。
管河道以下官员 （均由地方官兼任）有同知 （正五品）、通判 （正六品）、州同 （从六品）、主簿 （正九品）、巡检（从九品）。同知、通判的官署称 “厅”，州同以下则称 “?”。山东二道所属有八厅，分二十二?。
河道总督也同行省总督一样，有直属的军队——“河标” （总督、巡抚、提督、总兵等各有直属的亲兵，分称督标、抚标、提标、军标、河标、漕标等）。掌管河工的调遣，督护及守?，防险之事务。 “标”辖营、?；统辖河标中营、河标左营、河标右营 （以上三营均为顺治元年设，驻济宁）；兼辖济宁城守营、黄河营、淮 （怀）河营、豫河营 （以上四营为顺治五年设）、运河营 （乾隆五年设，分驻济宁和临清）。河标所设武职官员有副将、参将、游击、都司、守备、千总、把总等。副将 （从二品）是总督的副职武官，其驻所称 “河标中军副将署”；参将 （正三品）、游击 （从三品）、都司 （正四品）、守备 （正五品）为营级军官；千总 （从六品）、把总 （正七品）为?的军官。
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