这是发生在中国东部山区一个乡村里的故事，由于“孔子后裔村”的身份，使得这一影像记录更具有独特的意义。
《孔子的村庄》由三条人物线横向平行构成，几个纵向的事件矛盾点将他们拧在一起，交织着向前推动——
一辈子蜗居在山村里没出过远门的耄耋老人孔宪郑夫妇虽然已子孙四代，然而为生计而奔忙的子女们却无暇过多顾及他们，老两口还得自行打理日常的生活和劳作，而他们最大的愿望就是在有生之年能够五代同堂;
年轻时就想出去闯荡的孔庆溪直到古稀之年依旧蜗居山里，他将希望寄托在儿子身上，希望他能混出个模样，不料儿子外出打工没几年便身患重病黯然回到了村里，巨额的医疗费使他一家人陷入困境，让儿子活下去成为孔庆溪眼下的唯一念想;
年富力强的孔庆平原先在外地生意做得顺风顺水，上级领导邀请他回村担任党支部书记，希望他能带领老百姓一起致富。建设一个宜居、宜学、宜游、人人知书达礼的美丽村庄是孔庆平蕴藏心中的梦想，“让孩子有所教育，让年轻人有钱赚，让老人有所养”，他希望以弘扬传统文化来带动村经济发展，但他的想法并没有得到领导的认同，“仓禀实而知礼节”是领导对他的忠告。
果然，踌躇满志的孔庆平很快就被村里接踵而来的现实搞得压力山大—-
他决定引进和自己发展理念相近的企业到村里开发建设，征地过程中遇到了“钉子户”，他使出浑身解数将问题搞定后，却被告知那块地是基本农田，不得作为商业用途;
他在村里推行幼儿传统国学义务教育，吸引了各地的孩子踊跃前来学习，但经过“童蒙养正”后的孩子们却面临着“瓶颈”：孩子国学幼儿班毕业后将如何“幼接小”;
规划中的沈海高速公路复线将要通过村子，这为村子的快速发展提供了一个契机，却意外地让孔氏家族百年前的一桩悬而未决的官司浮出水面，使得一向以“恭、宽、信、敏、惠”自居的孔氏族人们陷入焦虑，既是村支部书记又是族长的孔庆平将如何应对;
当地政府拨专款修建水利工程，目的是要帮助老百姓搞好农田生产。可经过层层转包的工程建成后存在着质量问题，生产受到影响的村民们便将不满的情绪向孔庆平发泄;
与此同时，孔庆平的家里似乎也隐含着某些不安定的因素……
各种问题和矛盾一时间搅和在一起朝孔庆平扑面而来，让他真切地体会到理想很丰满，现实很骨感……
片子开始时，孔庆平沿着村道迎面而来，身后的墙上赫然还挂着“五湖四海不分彼此，计生国策一视同仁”的巨幅标语，他还曾因为村里计划生育工作违规受到降职处分;两年后，当他又一次迎面走进村部时，身后修葺一新的宣传墙上已刷上了“社会主义核心价值观”字样，世间的很多事物就是这样在这不经意间悄然发生着转变……
这是一份关于一支遗落在中国东部山区的孔子后裔寻找精神家园和苦难抗争的影像记忆，也是一部展现在急剧变革的中国后乡土社会进程中传统农业生存状态和情感矛盾的纪录片。
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