1937年，日军侵我中华，10月济南岌岌可危。
时任山东省立图书馆的馆长王献唐，预感到馆内珍藏的大量珍贵文物书籍，如不迅速转移，将落入日军之手或毁于战火。转移到哪里去呢？王献唐颇费思量。最后，王献唐觉得转移到曲阜孔府较为安全，这是考虑到日本也有尊孔的习俗，短期内曲阜不致遭遇战火，这里应是山东最安全的地方。王献唐立即与孔德成取得联系，孔德成深明民族大义，深知文物之珍贵，不顾危险，慷慨应诺。
王献唐马上派图书馆的编藏部主任屈万里，担当这批文物的押运任务。屈万里辞别家人，冒着枪林弹雨，置生死于度外，经兖州到曲阜，将文物藏于孔府内。屈万里是山东鱼台人，与孔德成同在“孔孟之乡，礼仪之邦”，很容易地进行沟通。
后王献唐又将另一批珍贵文物从济南运抵曲阜。计古籍善本438种2659册，名人字画143种182件（轴），金石器物734件。后来，王献唐与屈万里又携文物离曲阜，经郑州抵汉口，转宜昌、渡三峡、入万县，最后到达四川歌乐山，才算暂时安顿下来。
1937年12月，时局越来越紧张，日军逼近山东。
蒋介石急电韩复榘，退出山东时，一定要带着孔德成，不能使孔德成落到日本人手里。韩复榘又电告驻兖州的二十二师师长孙桐萱，令他马上带孔德成南下。本来，省政府先前打算迁曲阜抵挡一阵，但局势发展紧急，容不得再等，只能尽快南迁。
孙桐萱接电后，当夜十点钟赶到孔府，找到孔德成，告诉他：日本人快过黄河了，请你马上处理一下家中的事务，立刻动身南迁。并说，这是中央的命令，没有商量的余地。同时派了四个护兵跟着他，怕他藏起来。
刘长厚回忆当时的情景时说：“孔德成想不通，祖庙无人奉祀，家中无人代理，夫人怀孕在身，路途不便，摆出了如此等等不愿离家的理由。孙桐萱对他是只有快走一条路，走便好，不走也要强走。孔德成无可奈何，只好喊起孔較光来，说明中央来意，拜托其大叔掌握府内外一切家务，代理奉祀官。让其伯母袁氏分担内务，重大问题由族长、四十员、老师庄陔兰、王毓华协商办理，直到四点多钟孙桐萱急着走，孔德成才草草收拾，带着夫人，两个女仆，两个男仆陈景荣、吴建章，老师吕金山，秘书李炳南上汽车走了。日后来信说在路上生了个女孩，起名维鄂，达重庆又生一男孩起名维益。”（《孔子嫡派后裔孔德成》）
1938年1月孔德成内迁武汉，国民党军委和文化界行动委员会举行欢迎会，印维廉发表《从孔德成南来说到孔子民族的思想》一文。该文推崇孔子“是中国文化的盟主，每一个中国人都应该尊孔。”并称“孔子的民族思想，一直到现在还不曾丧失了他的时代精神。”
在武汉，孔德成发表了抗日宣言。后武汉陷落，又转往重庆，被安排到这个战时“陪都”里。蒋介石特在歌乐山为其修建了奉祀官府，并且让他参加国民党参政会。
1946年抗战结束后，9月初，孔德成迁往南京，住在琅琊路五号一座二层楼房里。同时，在南京还设有孔德成的“奉祀官办事处”。在南京，孔德成除了是国民政府委任的“特任大成至圣奉祀官”外，还是一位“国大代表”。虽是代表，但每次开会，无论好话坏话，从来没人听他讲过什么……
离开孔府后的孔德成一家
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