近年来,我市立足具有基础优势和特色的重点行业，大力度实施调整振兴规划，培育新兴产业与改造提升传统产业两手抓，集中资源，加大投入，突出高新技术产业培植发展、传统产业改造提升、培育高新技术企业三个重点，全力推进高新技术产业化，传统产业高新化，高新技术企业高质化，企业核心竞争力明显增强。2009年,我市被授予“全国科技进步先进市”荣誉称号。
根据工业调整振兴规划，围绕我市重点产业和战略性新兴产业，选择100家成长性好、创新能力强的企业，在科技立项、产品研发、产学研合作等方面实行重点推动。同时,大力实施制造业信息化工程,加快推进传统产业改造,培育制造业信息化示范企业转型为高新技术企业,为走新型工业化道路奠定良好基础。
在加强鲁南工程技术研究院建设的基础上，支持引导企业、高校和科研单位采取多种形式共建工程技术研究中心和技术创新战略联盟。围绕重点产业、重点区域，设立济宁市工程技术研究中心、院士工作站。全市建有省级以上重点（工程）实验室10家，市级以上院士工作站5家，发展100个产学研合作创新基地，促进了科技资源与生产要素紧密衔接。
一批自主创新项目列入国家、省扶持计划，如意科技集团承担的 “高效短流程嵌入式复合纺纱技术”项目列入国家科技支撑计划；博特精工股份有限公司承担的 “高速精密重载滚珠丝杠及直线导轨”项目列入国家重大科技专项；圣旺药业股份有限公司承担的 “新药金丝桃素国际联合开发与研究”项目列入国家重大新药创制科技专项； “低温位热能回收利用装置”等4个项目获国家科技型中小企业创新基金支持。 “低滚动阻力节能钢丝绳芯输送带”等6个项目被列入2010年度山东省自主创新成果转化重大专项。企业创新能力不断增强。
2010年，全市新增国家级高新技术企业12家，总数已达到61家。1至5月份全市实现高新技术产业产值530.76亿元,占规模以上工业总产值的比重达到34.56%。仅合成材料制造、化学试剂和助剂制造等10个行业的产值就占全市高新技术产业产值的65.5%。年内新增国家级高新技术企业20家，全市高新技术产业产值增长30%,占规模以上工业总产值的比重达到35%以上。
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