漕运，本意指水路运输。后专指历代政府将所征粮食解往京师或其他指定地点的运输。明清政府将从江苏、浙江、江西、安徽、湖南、湖北、河南、山东等省征来的供官、军食用的漕粮，都经贯通南北的大运河运往通州和北京。
漕运，系关国家的军国大计，政府都派官设衙进行专项管理。《明史·卷七十三·职官二》 载：“总督漕运兼提督军务巡抚凤阳等处兼管河道一员……永乐间，设漕运总兵官……成化八年分设巡抚、总漕各一员。……嘉靖四十年归并，改总督漕运兼提督军务。万历七年加兼管河道”。再据《辞海》载：“明代始设漕运总督，驻淮安，管理漕粮的取齐，上缴和监押运输，兼巡抚凤阳等处。清代相沿不改，以便督促南方各省通过运河向京城运送粮食。所属有督粮道，管粮同知、通判等官。光绪三十一年（1905）因河运已废，裁撤”。
清代，顺治二年五月王文奎总督淮扬兼督漕，驻淮安。沿运各省设督粮道；山东督粮道，驻德州，在城内东南。府和直隶州设管粮同知、通判；德州管粮通判署在道署北；兖州府管粮通判署在府署西南。县有主簿等官分管。但又都属漕运总督节制和管辖。
漕粮的运送和监押，主要是依靠漕运总督所统辖的“卫所”来完成的。“卫所”在明代系军事组织，5600人为一卫，受中央的兵部、五军都督府和省都指挥使司统辖；但有漕运任务的“卫所”又隶属于户部所节制的漕运总督。
漕运，系关国家的军国大计，政府都派官设衙进行专项管理。《明史·卷七十三·职官二》 载：“总督漕运兼提督军务巡抚凤阳等处兼管河道一员……永乐间，设漕运总兵官……成化八年分设巡抚、总漕各一员。……嘉靖四十年归并，改总督漕运兼提督军务。万历七年加兼管河道”。再据《辞海》载：“明代始设漕运总督，驻淮安，管理漕粮的取齐，上缴和监押运输，兼巡抚凤阳等处。清代相沿不改，以便督促南方各省通过运河向京城运送粮食。所属有督粮道，管粮同知、通判等官。光绪三十一年（1905）因河运已废，裁撤”。
清代，顺治二年五月王文奎总督淮扬兼督漕，驻淮安。沿运各省设督粮道；山东督粮道，驻德州，在城内东南。府和直隶州设管粮同知、通判；德州管粮通判署在道署北；兖州府管粮通判署在府署西南。县有主簿等官分管。但又都属漕运总督节制和管辖。
漕粮的运送和监押，主要是依靠漕运总督所统辖的“卫所”来完成的。“卫所”在明代系军事组织，5600人为一卫，受中央的兵部、五军都督府和省都指挥使司统辖；但有漕运任务的“卫所”又隶属于户部所节制的漕运总督。
清初，“裁卫设县”，“卫所”屯田改隶州县，变为民屯。有漕运任务的济宁卫、临清卫、任城卫、东平守御千户所等仍然保留，仍隶漕运总督。“卫所”各官，从卫指挥使至千、百户全被裁撤，改设守备(秩从五品；营守备为正五品)“专理印屯”，设千总（秩从六品； 营千总为正六品）“领运、管河”。
济宁卫，设守备一人（明洪武元年置济宁卫指挥使司，简称济宁卫。同年八月，改调济宁卫为燕山右卫。永乐五年，调改武昌左卫为济宁卫，卫署初在今市中区道门口街路北，后移治市中区卫门口街路北）。管理屯庄四十三（明初为四十屯），其中：济宁三屯，金乡三屯，嘉祥二屯，郓城十三屯，巨野二十二屯。设管河千总二人，浅夫八十人，军夫五十人，分管从济宁城西二里半起至曹井桥止计长十七里八分运河河道；设运粮千总四人，领船帮二，旗丁三百三十五人，原额漕船一百九十支。
临清卫（明洪武初置济宁左卫指挥使司，简称济宁左卫，卫署在今市中区古槐路西，院门口街路北； 景泰元年调改称临清卫），设守备一人，专理印屯（明初为四十屯； 至清末分增为五十四屯庄），驻济宁州，卫守备署移治南门内（即今市中区临清卫街，街由此而得名），后又移于城东北隅邵家街路北（今市中区古槐路东，环城北路南，济宁军分区南院一带）；船帮及官弁驻临清。
任城卫，驻滋阳，设领运千总二人，旗丁四十七人，但均不驻济宁城内。“漕标”是清代漕运总督所属的绿营兵。“漕标”和“河标”、“抚标”、“镇标”一样，是总督、巡抚、总兵的亲兵———“警卫团”。“漕标”只有中、左、右三个营（一说左、右二营），一千余人，驻淮安。负担漕粮的催督、保护等。“‘漕标中军’不是官名，‘漕标’由‘副将’统领，‘副将’是官名。“漕标”不设协，更不能称镇，镇由总兵（正二品）统领。清代绿营兵武官的名称有；提督、总兵、副将、参将、游击、都司、守备、千总、把总。
综上所述，清代的漕运管理，中央归属户部（治河属工部），又设漕运总督专项管理（漕运总督衙门内不设属官，只设书吏二十余人，办理衙门内一应文牍事宜），沿运各省设督粮道，府和直隶州设管粮同知、通判，县有主簿等官，但又都属漕运总督节制和管辖； 承担管理漕粮的取齐，上缴任务。“卫所”系军事编制，由漕运总督直接统辖，分驻沿运各省各地，仅山东就有济宁、任城、临清、德州、德州左等卫和东平守禦千户所。卫所承担运粮、管河和屯田任务，不是漕运的行政管理机构。漕粮的监押运输任务由卫守备之下的运粮千总带领的船邦完成。“邦”实为船队，不是县的漕运管理机构，济宁卫有船邦二，临清卫有船邦五。一支船队（邦），由两名运粮千总带领，往返各负其责。航行和过闸要由河道总督管辖的沿运各地的府州县（厅、汛）河段所设的闸官、闸夫、浅夫等开闸、牵送，逐段过境。根据《山东全河备考》和《山东运河备览》载：山东1100余里运河河道，清初设浅夫、溜夫等3240余名； 闸49，设闸夫1560余名。其中，鱼台县河道85里设浅夫183名，闸4设闸夫110 名，重船邦通过限2日； 济宁州河道75里设浅夫246名、溜夫311名，闸10设闸夫248名，重船邦通过限3日半； 济宁卫河道18里设浅夫80名、军夫50名，重船邦通过限半日；汶上县河道56里设浅夫304名、溜夫36名，闸6设闸夫144 名，重船邦通过限2日。
清末，漕运衰落。
道光二十二年（1842），英军在鸦片战争后期，攻占京杭大运河与长江交汇处的镇江，封锁漕运。
咸丰三年（1853）后，太平天国占据南京和安徽沿江一带十多年，运河漕运被迫中断。
咸丰五年（1855）黄河改道后，运河山东段逐渐淤废。从此漕运主要改经海路。
同治十一年（1872），轮船招商局在上海成立，正式用轮船承运漕粮。光绪二十七年（1901），停止运河漕运。
光绪三十一年（1905），撤废漕运总督。
济宁卫，设守备一人（明洪武元年置济宁卫指挥使司，简称济宁卫。同年八月，改调济宁卫为燕山右卫。永乐五年，调改武昌左卫为济宁卫，卫署初在今市中区道门口街路北，后移治市中区卫门口街路北）。管理屯庄四十三（明初为四十屯），其中：济宁三屯，金乡三屯，嘉祥二屯，郓城十三屯，巨野二十二屯。设管河千总二人，浅夫八十人，军夫五十人，分管从济宁城西二里半起至曹井桥止计长十七里八分运河河道；设运粮千总四人，领船帮二，旗丁三百三十五人，原额漕船一百九十支。
临清卫（明洪武初置济宁左卫指挥使司，简称济宁左卫，卫署在今市中区古槐路西，院门口街路北； 景泰元年调改称临清卫），设守备一人，专理印屯（明初为四十屯； 至清末分增为五十四屯庄），驻济宁州，卫守备署移治南门内（即今市中区临清卫街，街由此而得名），后又移于城东北隅邵家街路北（今市中区古槐路东，环城北路南，济宁军分区南院一带）；船帮及官弁驻临清。
任城卫，驻滋阳，设领运千总二人，旗丁四十七人，但均不驻济宁城内。“漕标”是清代漕运总督所属的绿营兵。“漕标”和“河标”、“抚标”、“镇标”一样，是总督、巡抚、总兵的亲兵———“警卫团”。“漕标”只有中、左、右三个营（一说左、右二营），一千余人，驻淮安。负担漕粮的催督、保护等。“‘漕标中军’不是官名，‘漕标’由‘副将’统领，‘副将’是官名。“漕标”不设协，更不能称镇，镇由总兵（正二品）统领。清代绿营兵武官的名称有；提督、总兵、副将、参将、游击、都司、守备、千总、把总。
综上所述，清代的漕运管理，中央归属户部（治河属工部），又设漕运总督专项管理（漕运总督衙门内不设属官，只设书吏二十余人，办理衙门内一应文牍事宜），沿运各省设督粮道，府和直隶州设管粮同知、通判，县有主簿等官，但又都属漕运总督节制和管辖； 承担管理漕粮的取齐，上缴任务。“卫所”系军事编制，由漕运总督直接统辖，分驻沿运各省各地，仅山东就有济宁、任城、临清、德州、德州左等卫和东平守禦千户所。卫所承担运粮、管河和屯田任务，不是漕运的行政管理机构。漕粮的监押运输任务由卫守备之下的运粮千总带领的船邦完成。“邦”实为船队，不是县的漕运管理机构，济宁卫有船邦二，临清卫有船邦五。一支船队（邦），由两名运粮千总带领，往返各负其责。航行和过闸要由河道总督管辖的沿运各地的府州县（厅、汛）河段所设的闸官、闸夫、浅夫等开闸、牵送，逐段过境。根据《山东全河备考》和《山东运河备览》载：山东1100余里运河河道，清初设浅夫、溜夫等3240余名； 闸49，设闸夫1560余名。其中，鱼台县河道85里设浅夫183名，闸4设闸夫110 名，重船邦通过限2日； 济宁州河道75里设浅夫246名、溜夫311名，闸10设闸夫248名，重船邦通过限3日半； 济宁卫河道18里设浅夫80名、军夫50名，重船邦通过限半日；汶上县河道56里设浅夫304名、溜夫36名，闸6设闸夫144 名，重船邦通过限2日。
清末，漕运衰落。
道光二十二年（1842），英军在鸦片战争后期，攻占京杭大运河与长江交汇处的镇江，封锁漕运。
咸丰三年（1853）后，太平天国占据南京和安徽沿江一带十多年，运河漕运被迫中断。
咸丰五年（1855）黄河改道后，运河山东段逐渐淤废。从此漕运主要改经海路。
同治十一年（1872），轮船招商局在上海成立，正式用轮船承运漕粮。光绪二十七年（1901），停止运河漕运。
光绪三十一年（1905），撤废漕运总督。
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